Совет Партнерства осуществляет общее руководство деятельностью Партнерства, планирование деятельности, координацию работы участников Партнерства.
В задачи Совета входит организация деятельности, направленной на выработку предложений по государственному регулированию в области компетенции Партнерства и развитие взаимодействия с бизнес-сообществом.
Совет Партнерства обеспечивает формирование и поддержку деятельности научных и научно-технологических консорциумов и иных форм кооперации организаций-участников Партнерства по приоритетным направлениям деятельности Партнерства.
Оперативное управление, а также юридическое, организационно-техническое, информационное и инфраструктурное обеспечение деятельности Партнерства возлагается на ООО «Системный консалтинг».
Руководитель Межрегионального научно-технологического, делового и образовательного партнерства (МРПА) «Устойчивое развитие Дальнего Востока и Арктики»